GALAXY TECH
Chuyên gia Công nghệ
Thứ hai, 13/07/2015 | 00:00 GMT+7

Cách thiết lập R trên Ubuntu 14.04

R là một ngôn ngữ lập trình open-souce phổ biến chuyên về tính toán thống kê và đồ họa. Nó được sử dụng rộng rãi bởi các nhà thống kê để phát triển phần mềm thống kê và thực hiện phân tích dữ liệu. Một trong những điểm mạnh của R là nó có khả năng mở rộng cao và dễ dàng bằng cách cho phép user tạo và gửi các gói của riêng họ. Cộng đồng R được biết đến là rất tích cực và được ghi nhận là liên tục bổ sung các gói thống kê do user tạo cho các lĩnh vực nghiên cứu cụ thể, điều này làm cho R có thể áp dụng cho nhiều lĩnh vực nghiên cứu.

“Mạng lưu trữ R toàn diện” ( CRAN ) là một tập hợp các trang web (được gọi là gương ) mang tài liệu giống hệt nhau, bao gồm nhiều gói R và bản thân các phân phối R. Bạn có thể download R và nhiều gói R từ bất kỳ máy nhân bản CRAN nào , nhưng ta sẽ sử dụng máy nhân bản RStudio .

Trong hướng dẫn này, ta sẽ tìm hiểu cách cài đặt R trên DigitalOcean Server chạy Ubuntu 14.04. Nếu Server đang chạy một hệ điều hành khác, hầu hết các hướng dẫn sẽ vẫn áp dụng, nhưng bạn có thể cần phải sửa đổi một số lệnh. Làm theo hướng dẫn này để hoàn thành sẽ mất khoảng 10-15 phút.

Yêu cầu

Đối với hướng dẫn này, bạn cần :

  • Ubuntu 14.04 Server với ít nhất 1 GB RAM. Tất cả các lệnh trong hướng dẫn này phải được chạy với quyền user không phải root. Nếu cần có quyền truy cập root cho lệnh, nó sẽ được đặt trước sudo . Cài đặt server ban đầu với Ubuntu 14.04 giải thích cách thêm user và cấp cho họ quyền truy cập sudo.

Bước 1 - Cài đặt APT

Để cài đặt R, ta sẽ sử dụng công cụ APT (Công cụ đóng gói nâng cao). Nó sử dụng một file đặc biệt liệt kê các nguồn nơi các gói sẽ được download từ đó. Tệp đó là /etc/apt/sources.list . Để có được version R mới nhất, ta cần thêm kho lưu trữ chính xác vào danh sách nguồn bằng cách thêm một dòng vào file nguồn. Dòng chính xác bạn cần thêm sẽ khác nhau tùy thuộc vào version Ubuntu chính xác. Đối với Ubuntu 14.04, hãy chạy lệnh sau để thêm đúng repository vào /etc/apt/sources.list .

  • sudo sh -c 'echo "deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/" >> /etc/apt/sources.list'

Nếu bạn đang chạy một version Ubuntu khác, hãy tham khảo tài liệu này để biết thêm repository chính xác.

Để xác thực các gói được download bằng APT, ta phải thêm public key . Các repository Ubuntu trên CRAN được ký bằng khóa có ID E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9. Thêm khóa này vào hệ thống của bạn.

  • gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

Tiếp theo, ta cần thêm khóa vào apt .

  • gpg -a --export E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | sudo apt-key add -

Bước 2 - Cài đặt R

Bây giờ APT đã được cài đặt đúng cách, ta đã sẵn sàng sử dụng nó để cài đặt R.

Đầu tiên, ta cần cập nhật danh sách các gói có sẵn kể từ khi ta cập nhật danh sách nguồn.

  • sudo apt-get update

Bây giờ ta có thể cài đặt R. Ta sử dụng cờ -y để tự động trả lời Có khi được hỏi liệu ta có chắc chắn muốn download gói hay không.

  • sudo apt-get -y install r-base

Đến đây, bạn nên cài đặt version R mới nhất trên Server của bạn . Bạn có thể kiểm tra bằng cách chạy lệnh R

  • R

Bạn sẽ thấy kết quả tương tự như sau.

R version 3.2.1 (2015-06-18) -- "World-Famous Astronaut" Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)  R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under certain conditions. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.    Natural language support but running in an English locale  R is a collaborative project with many contributors. Type 'contributors()' for more information and 'citation()' on how to cite R or R packages in publications.  Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. Type 'q()' to quit R.  >

Đến đây bạn đang ở bên trong shell tương tác R và có thể chạy các lệnh R tùy ý.

Thoát R và quay lại Server bằng hàm q() :

  • q(save = "no")

Bước 3 - Cài đặt Gói R từ CRAN

Bây giờ R đã được cài đặt trên Server, mọi user trên Server đều có thể sử dụng R. Khi R được cài đặt, nó sẽ tự động cài đặt một số gói mặc định, nhưng để làm bất cứ điều gì thực sự có ý nghĩa trong R, bạn có thể cần cài đặt thêm các gói . Điều quan trọng là phải có ít nhất 1 GB RAM để có thể cài đặt nhiều gói.

Như đã đề cập trước đây, CRAN không chỉ chứa R mà còn chứa nhiều gói R. Để cài đặt gói R mới được lưu trữ trên CRAN hoặc để cập nhật những gói hiện có, bạn sử dụng hàm install.packages() trong R. Nếu bạn muốn cài đặt gói somepackage , bạn sẽ mở R và chạy lệnh R sau.

# This is an example, do not run this install.packages("somepackage")

Tuy nhiên, bất kỳ gói nào được cài đặt bởi một user cụ thể trong R sẽ chỉ có sẵn cho user đó theo mặc định. Ví dụ: nếu user sammy cài đặt somepackage , thì user jessie sẽ không thể sử dụng somepackage cho đến khi họ cài đặt nó.

Có thể cài đặt gói R theo cách cung cấp gói này cho tất cả user trên Server bằng cách cài đặt nó dưới dạng root . Ví dụ, hãy cài đặt gói shiny , đây là một gói rất phổ biến được sử dụng để tạo các ứng dụng web từ mã R. Một cách để cài đặt gói với quyền root là đăng nhập với quyền root , chạy R và chạy lệnh install.packages() . Tuy nhiên, bạn không nên đăng nhập bằng quyền root , thay vào đó ta có thể chạy lệnh R với quyền root . Ta cũng sẽ xác định repos tham số để các gói phần mềm được tải về từ kho RStudio Cran, là cùng ta sử dụng khi tải R riêng của bạn .

  • sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos = 'http://cran.rstudio.com/')\""

Bằng cách cài đặt một gói theo cách này thay vì mở R và chạy lệnh install.packages() , gói shiny được cung cấp cho tất cả user trên Server.

Hãy xác minh shiny đã được cài đặt chính xác bằng cách thử tải nó. Bắt đầu một phiên R.

  • R

Trong R, hãy thử tải gói shiny .

  • library(shiny)

Chạy lệnh trước đó sẽ không có lỗi. Bây giờ bỏ R.

  • q(save = "no")

Bước 4 - Cài đặt gói devtools

Trong khi nhiều gói R được lưu trữ trên CRAN và có thể được cài đặt bằng chức năng install.packages() sẵn, thì có nhiều gói khác được lưu trữ trên GitHub nhưng không phải trên CRAN. Để cài đặt gói R từ GitHub, ta cần sử dụng gói devtools R, vì vậy hãy cài đặt nó.

Gói devtools R yêu cầu ba gói hệ thống được cài đặt trên Server, đó là libcurl4-gnutls-dev , libxml2-dev và libssl-devc . Cài đặt ba gói sau:

  • sudo apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

Bây giờ gói devtools R có thể được cài đặt. Lưu ý ta muốn cài đặt nó bằng cách sử dụng cùng một phương pháp như đã mô tả ở trên, thay vì cài đặt nó trong phiên R, vì devtools nên có sẵn cho tất cả user .

  • sudo su - -c "R -e \"install.packages('devtools', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

Lệnh cài đặt devtools ở trên có thể mất vài phút để hoàn thành.

Bước 5 - Cài đặt Gói R từ GitHub

Bây giờ ta đã cài đặt devtools , ta có thể cài đặt bất kỳ gói R nào trên GitHub bằng cách sử dụng hàm install_github() . Cũng giống như với các gói CRAN, khi cài đặt các gói GitHub, bạn cần chạy lệnh từ vỏ hệ thống để làm cho gói có sẵn cho tất cả user . Hãy thử cài đặt gói GitHub shinyjs , gói này bổ sung thêm chức năng cho gói shiny . Một gói GitHub được xác định bởi tác giả của nó ( daattali ) và tên của nó ( shinyjs ).

  • sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('daattali/shinyjs')\""

Hãy xác minh shinyjs đã được cài đặt chính xác bằng cách thử tải nó. Bắt đầu một phiên R.

  • R

Trong R, hãy thử tải gói shinyjs .

  • library(shinyjs)

Chạy lệnh trước đó có thể dẫn đến một số thông báo, nhưng không có thông báo lỗi. Bây giờ bỏ R.

  • q(save = "no")

Bước tiếp theo

Đến đây bạn có cài đặt R đang hoạt động trên Server của bạn .

Để tìm hiểu thêm về R, hãy truy cập trang web chính thức của R hoặc thử học R thực hành và tương tác với gói swirl .

Để biết thêm thông tin về CRAN và những gì nó cung cấp, hãy truy cập trang web CRAN chính thức .

Để có trải nghiệm tốt hơn khi viết mã R trên Server, bạn có thể cần cài đặt Server RStudio bằng cách sử dụng hướng dẫn này .

Nếu bạn muốn lưu trữ bất kỳ mã Shiny nào trên Server của bạn , bạn có thể cần cài đặt Server sáng bóng bằng cách sử dụng hướng dẫn này .

Kết luận

Trong hướng dẫn này, ta đã thực hiện các bước cần thiết để cài đặt R trên Ubuntu 14.04 Server. Ta cũng đã tìm hiểu sự khác biệt giữa cài đặt gói R từ GitHub và CRAN và cách đảm bảo các gói này được cung cấp cho tất cả user trên Server.

Tags:

Các tin liên quan

Cách triển khai ứng dụng Rails với Git Hooks trên Ubuntu 14.04
2015-07-09
Cách sử dụng Prometheus để giám sát server Ubuntu 14.04 của bạn
2015-06-30
Cách cài đặt control panel Ajenti và Ajenti V trên Ubuntu 14.04
2015-06-26
Cách tự động hóa cài đặt WordPress trên Ubuntu 14.04 bằng Ansible
2015-06-25
Cách cài đặt Công cụ giám sát Munin trên Ubuntu 14.04
2015-06-20
Cách cài đặt và cấu hình mod_deflate trên Ubuntu 14.04
2015-06-17
Cách cài đặt MongoDB trên Ubuntu 14.04
2015-06-15
Cách cài đặt và sử dụng ArangoDB trên Ubuntu 14.04
2015-06-12
Cách cài đặt Lita Chat Bot cho IRC trên Ubuntu 14.04
2015-06-10
Cách cài đặt và cấu hình Ansible trên Ubuntu 14.04
2015-06-05